Un cánon es el conjunto de libros que integran la Biblia según una tradición religiosa  concreta, que los considera así "divinamente inspirados" y los distingue de otros textos que no se consideran revelados. Estas diferencias entre distintas ramas del cristianismo se dan únicamente para el Antiguo Testamento, ya que todas las Biblias tienen el mismo número de libros en el Nuevo Testamento.

El primer cánon es el Pentateuco, el cual se compone de los libros del Génesis, Éxodo, Levítico, Números y Deuteronomio y contiene la "Ley de Dios", que es el conjunto de los 613 preceptos del Judaísmo.

Dentro del Judaísmo surge disputa sobre el cánon correcto. Un grupo religioso, los saduceos, sostiene que solamente conforma el cánon de las Escrituras la Torá o Pentateuco (la Ley), mientras que otros grupos también consideran las Escrituras de los Nevi'im (Profetas) y los Ketuvim (los Escritos). Después de la destrucción de Jerusalén en el año 70 d. C., el grupo judío predominante fue el de los fariseos, que sí considera al cánon como conformado por la Ley, los Profetas y los Escritos.

Así, a finales del siglo I el Judaísmo estableció en Yamnia (Yavne) como cánon de sus libros sagrados aquellos que cumplieran tres requisitos: que hubiera una copia del libro en cuestión que se supiera que fue escrito antes del año 300 a. C. (cuando la helenización llegó a Palestina, con los problemas culturales y religiosos subsecuentes, y que pueden leerse en libros como los de los Macabeos o el de Daniel), que dicha copia estuviera escrita en hebreo o cuando menos arameo (no griego, la lengua y cultura invasora) y que tuviera un mensaje considerado como inspirado o dirigido al pueblo de Dios (con lo que también algunos libros que cumplían las dos características anteriores tuvieron que salir del cánon).

En tiempos de Jesús de Nazaret es dominante la segunda opinión, la cual es sostenida y transmitida por muchos cristianos hasta tiempos de la Reforma Protestante con la controversia de los Libros Deuterocanónicos.

Esta controversia probablemente se originó precisamente por el hecho de que el Judaísmo había establecido su cánon a fines del siglo I, con lo que para ellos ya no estaban presentes aquellos textos que sólo se encontrarían en griego (en la versión de la Biblia judía de los Setenta). Estos libros fueron precisamente los que se considerarían, posteriormente, como Deuterocanónicos (apócrifos para la Iglesia Evangélica).

La versión judía de la Biblia consta de 24 libros, con ciertas diferencias respecto a las Biblias cristianas. Algunas de ellas son:

· Los nombres de varios libros: Éxodo para el original Shemot («Nombres»); Levítico para Vaikrá («Y llamó»).

· La subdivisión en tres secciones: Torá (la Ley, el Pentateuco); Nevi'im, los Profetas Anteriores (Josué, Jueces, Samuel y Reyes) y Posteriores (Isaías, Jeremías, Ezequiel y los 12 profetas menores); y Ketuvim, los Escritos (Salmos, Proverbios, Daniel y los demás libros).

Actualmente, los libros que no son considerados canónicos por católicos y ortodoxos, reciben el nombre de libros apócrifos; a su vez, los mismos libros suelen ser llamados pseudoepígrafos por protestantes, que normalmente, respetan también el nombre de Deuterocanónicos (literalmente, "del segundo cánon") para aquellos que han recibido reconocimiento canónico de católicos y ortodoxos (en general, son   libros escritos originalmente en griego, incluidos en la traducción al griego de la Biblia judía conocida como Septuaginta o de los LXX). No obstante, algunas corrientes protestantes fundamentalistas insisten en nombrar apócrifos a los libros Deuterocanónicos.

Hay que señalar, que los primeros cristianos no usaban la Biblia hebrea, sino que usaban la Septuaginta o de los LXX (70) porque varios de los nuevos cristianos fueron judíos de cultura griega, como por ejemplo, Pablo de Tarso, Estéban , y los evangelistas Lucas y Marcos.

Así pues, versiones católicas de la Biblia constan de 73 escritos, en tanto que las versiones protestantes (evangélicas)  sólo contienen 66, debido a que  consideran que siete libros impresos en las versiones católicas (los Deutrocanónicos) sólo son "lectura edificante", pero no canónica (no pertenecen al cánon de Yamnia, adoptado por Lutero) .

Las versiones ortodoxas, por su parte, pueden incluir 77 o 78 libros (IV Macabeos es a veces incluido en un apéndice, y a veces no). Además, la Iglesia Ortodoxa Etíope incluye como canónico en el Antiguo Testamento el Libro de Enoc, que no incluye ninguna de las otras corrientes cristianas ni el judaísmo.